Tại Nguyễn Siêu, ngoài mục tiêu nâng cao kiến thức của học sinh, Nhà trường còn quan tâm tới việc nâng cao sức khỏe thể chất của các con. Theo phân phối chương trình của Bộ, trường Nguyễn Siêu đã tổ chức dạy và học môn thể dục với tần suất 2 tiết/tuần với mỗi lớp; đồng thời tổ chức các câu lạc bộ thể thao ngoài giờ học để tăng cường thể chất cho học sinh.
Thể dục là một môn học thiết yếu, một phương pháp quan trọng và bổ ích cho lứa tuổi học sinh; giúp học sinh phát triển toàn diện. Các tiết thể dục và giờ ra chơi mang lại rất nhiều lợi ích cho các con, như: ngủ ngon hơn, cải thiện thái độ và thành tích học tập, phát triển các kỹ năng xã hội và giúp các con tự tin hơn trong cuộc sống.
Tại Nguyễn Siêu, các con học sinh tiểu học sẽ được hướng dẫn các bài thể dục cơ bản như xoay trái xoay phải, các bài tập khởi động hoặc môn đá cầu, nhảy dây. Các bạn học sinh thuộc khối trung học sẽ được tham gia vào các lớp huấn luyện một số môn thể thao như bóng rổ, cầu lông, bóng bàn…
Ở mỗi giờ thể dục, các con học sinh đều vô cùng hứng thú, vui vẻ và hào hứng trước mỗi tiết học thể dục, do các con đã dành phần lớn thời gian ngồi học trên ghế nhà trường, nên môn học này là cơ hội tuyệt vời để tác động thật sự lên cột sống và sức khỏe của học sinh.
Ngoài các giờ học tập trên lớp, đến tiết học thể dục chính là lúc học sinh được vận động thông qua các bài tập thể dục và chơi các môn thể thao mà mình yêu thích. Điều đó giúp các con thoải mái hơn khi vào các tiết học tiếp theo. Từ đó, nhà trường cũng tập trung phát triển các câu lạc bộ ngoài giờ như: bóng rổ, cờ vua, võ thuật… để tạo sân chơi bổ ích cho học sinh.
Để hoàn thành được nhiệm vụ cũng như mong muốn nâng cao sức khỏe cho học sinh các khối, trường Nguyễn Siêu đã xây dựng hoàn thiện phòng gym, hệ thống các sân bóng rổ, sân cỏ nhân tạo và sắm sửa đầy đủ cơ sở vật chất cho các môn bóng đá, bóng rổ, bóng bàn... giúp các con có không gian và phương tiện để rèn luyện sức khỏe đúng quy chuẩn.